최적의 PH
다른 미생물들은 종종 다양한 온도, 산소 수준, 빛과 산성, 또는 pH를 가진 뚜렷한 환경을 필요로 한다. 어떤 미생물들은 매우 낮은 pH값을 가진 환경에서 더 빨리 자란다. 이것들은 산성 환경을 선호하기 때문에 아사이도필레라고 불린다. 대부분의 미생물이 최적의 성장을 위해 중성 pH값을 필요로 하지만, 알칼리성 미생물은 낮은 산성이나 높은 pH환경을 선호한다.
아피도필스
pH5이하에서 최적의 성장을 이루는 미생물을 아이디오피일이라고 한다. 이 미생물들은 인간의 위뿐만 아니라 간헐천과 황산 웅덩이를 포함한 다양한 환경에서 발견된다. 아이디오 필 은 미세한 조류인 시아니디움 칼다륨과 두날리엘라 아시도피아를 포함한다. 미세한 곰팡이, 아소티엄, 세팔로스 포리움, 트리코포론 세레브리아는 pH0근처에서 자랄 수 있다. Picrophilaceae라고 불리는 원시 미생물은 최적의 pH값이 0에 가깝고 또한 마이너스 pH값에서도 자랄 수 있다.
알칼리성
알칼리성 미생물은 pH9~12에서 최적의 성장을 보인다. 이러한 미생물들은 알칼리성 호수, 토양, 그리고 다른 높은 pH환경에서 잘 자란다. 시카고 남동쪽에 위치한 칼루 메트 호수의 슬래그 덤프에서 물은 부식성 소다와 비슷한 12.8의 pH에 도달할 수 있다. 클로스트리디움과 바실루스와 관련된 어떤 박테리아는 극도로 알칼리성인 환경에서 산다. 캘리포니아의 모노 호수와 옐로우 스톤 공원의 옥토퍼스 스프링은 알칼리성 미생물이 발견된 예이다.
뉴트로 필스
6과 8사이에 놓여 있는 중성 pH값은 자연에서 더 흔히 발견된다. 대부분의 미생물은 진화를 통해 산성-중성적 환경에서 최적의 성장을 이루도록 적응해 왔다. 이러한 미생물들은 뉴트로 필 이라고 불리며, 대부분의 미생물 종들과 식물성 플랑크톤을 형성하는 다른 유기체들과 약간의 토양에 사는 박테리아와 이스트를 포함한다.
병리과 PH
사람, 동물, 식물 질병과 관련된 대부분의 미생물들은 장 감염을 일으키는 대장 균, 식물 기생충인 에르비니아 카라토 포라, 인간과 동물에게 일련의 감염을 일으키는 녹농균, 폐렴을 일으키는 스트립토쿠 진폐증 등이다. 하지만, 병원 균은 또한 아이디오 필 과 알칼리성 사이에서 발견된다. 박테리아 유산균은 낮은 pH에서 최적의 성장을 보여 질 감염을 일으킨다. 알칼리성 박테리아 VibrioCholerae는 인간에게 콜레라를 일으킨다.